学校由原第六、第七军医大学合并而成，第六军医大学前身系第四野战军医科学校和原国立中正医学院，第七军医大学前身为第二野战军医科大学，1975年更名为第三军医大学，2017年陆军军医大学以第三军医大学为基础，整合白求恩医务士官学校、西部战区陆军乌鲁木齐综合训练基地军医训练大队和西藏军区第8医院，形成重庆、石家庄、呼图壁、日喀则四地办学格局，校本部定在重庆，对外仍可称第三军医大学。[2]